Die Molla Zeyrek Moschee im Istanbuler Stadtbezirk Fatih besteht aus drei in byzantinischer Zeit miteinander verbundenen ehemaligen orthodoxen Kirchen. Diese bildeten das Pantokrator Kloster.
Zwischen 1118 und 1124 hatte die byzantinische Kaiserin Eirene Komnena zunächst ein Kloster erbauen lassen, zu dem eine Kreuzkuppelkirche, ein Krankenhaus und eine Bibliothek gehörten. Nach ihrem Tod um 1134 liess der byzantinische Kaiser Johannes II. Komnenos den Gebäudekomplex noch erweitern. Neben bedeutenden Würdenträgern des Byzantinischen Reichs wurden hier Kaiser Johannes II. und seine Frau Eirene sowie auch Kaiser Johannes V. Palaiologos bestattet.
Das Pantokrator Kloster diente seit 1206 als Aufbewahrungsort der Schutzikone Konstantinopels und nach dem Vierten Kreuzzug residierte hier der venetianische Klerus. Unter Andronikos II. Palaiologos (1282–1325) nutzte man das Kloster als Gefängnis für politische Gegner. Nach der Eroberung von Konstantinopel durch die Osmanen wurde der Gebäudekomplex in eine Moschee und Medrese umgewandelt und nach Molla Zeyrek benannt, der hier lehrte. Seit einiger Zeit wird das Gebäude, das auf der UNESCO-Liste der gefährdeten Denkmäler steht, umfangreich restauriert.